Особливості формування фондової збірки окреслились пріоритетними напрямками діяльності Заповідника на усіх етапах його існування, а саме у сферах пам’ятко-охоронної, науково-дослідної, реставраційно-реабілітаційної, фондової, культурно-освітньої, виставково-експозиційної роботи. В Заповіднику здійснюється формування, комплектація, вивчення музейних, архівних, бібліотечних фондів.
Музейний фонд Заповідника належить до державної частини Музейного фонду України, який розподіляється на основний та науково-допоміжний. На сьогодні основний фонд Заповідника формують 9 інвентарних груп - «Археологія» (А), «Архітектурні деталі» (АД), «Нумізматика» (Н), «Документи» (Д), «Негативи» (Нг), «Фотокартки» (Ф), «Іконографічні матеріали» (Ік), «Образотворче мистецтво» (ОМ), Декоративно-ужиткове мистецтво (ДУМ).